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在盆腔里的
如果是女孩，有可能是卵巢囊肿，10%是卵巢囊性畸胎瘤。后者大多是良性的。卵巢囊肿新生儿很常见，大部分自己消失。文献上多建议保守观察，例外的需要手术的包括：
1.扭转疼痛的卵巢囊肿。
2.直径大于5公分的囊肿，因为比较容易扭转，同时影响卵巢血运。
3.有实体成分的囊肿，即囊肿性畸胎瘤。
在肠道旁的囊肿
常见的有肠道重复畸形，肠系膜囊肿，淋巴管瘤，大网膜囊肿，这些都是良性的囊肿，预后都很好。
肠道重复畸形多发生在回盲部附近，现今大多可以用微创方法切除。
在肝下发现的囊肿
有可能是囊性胆道闭锁或是胆总管囊肿。
肾脏有很多“囊肿”
有可能是肾盂积水，也有可能是真正的囊肿。
多囊肾发育不良（multicysticdysplastickidney,MCDK）是个良性的疾病，一侧肾发育欠佳，如另一侧正常，生活是正常的。
而多囊肾（polycystickidney）则是遗传疾病，有两种，会影响双侧肾，在一些年后可以引致肾衰竭。
胸腔内囊肿
最常见的是先天性囊性腺瘤样畸形
（congenitalcysticadenomatoidmalformation）和支气管源性囊肿（bronchogeniccyst）。都是良性的囊肿，可以出生后择期手术，不做手术的话很有可能感染。
颈部的囊肿
多数是淋巴管瘤，是良性的。可以等孩子出生后再处理。
总之产前B超查到的囊肿几乎全部都是良性的
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